目的探讨靶基因二代测序（tNGS）在检测甲型流感病毒中的应用价值。方法回顾性分析2024 年10月至2025 年2月该院116例疑似甲型流感患者的临床资料。所有患者因发热及肺部感染进行痰液tNGS及咽拭子流感核酸检测，比较两种检测方法的诊断效能。结果在116例患者中确诊93例甲型流感患者。在93例甲型流感患者中，tNGS的检出率高于流感核酸检测，差异有统计学意义(P<0.05)。tNGS、流感核酸检测甲型流感结果与确诊结果有明显的一致性(P<0.05)。流感核酸阳性组和阴性组tNGS序列数差异有统计学意义（P<0.05）。将23例被排除甲型流感诊断的患者设为对照组,流感核酸阳性组、阴性组、对照组WBC比较差异有统计学意义（P<0.05），C反应蛋白(CRP)和血清淀粉样蛋白A（SSA）比较差异无统计学意义（P>0.05）。结论tNGS在检测甲型流感病毒方面具有明显优势，联合外周血感染相关指标进行综合诊断，可能为流感病毒感染性疾病的早期诊断和治疗提供更有效的手段。