肠缺血再灌注（IIR）损伤是围手术期高病死率的临床危重症，现有防治手段有限。最新研究表明，肠道微生物代谢物通过表观遗传修饰参与IIR损伤调控。现有证据提示靶向微生物-表观遗传互作网络可能为IIR损伤提供新型防治策略，但相关临床转化研究仍需深入。该文将对IIR后肠道菌群失调特征及代谢物变化规律、微生物代谢物通过TLR3/NF-κB通路、非编码RNA调控炎症与细胞凋亡的分子机制、组蛋白修饰对肠屏障功能及远隔器官的保护作用做一综述。