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《重庆医学》已进入国内（外）自然科学期刊主要评价体系：
北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（2008年版、2011年版、2014年版）
中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊（2011-2014年）
中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）（1989—2017年）
武汉大学中国科学评价研究中心（RCCSE）中国权威学术期刊
中国学术期刊（光盘版）全文收录期刊
《中国核心期刊（遴选）数据库》来源期刊
《中文科技期刊数据库》全文收录
美国《化学文摘（网络版）》（CA）
美国《剑桥科学文摘（自然科学）》（CSA）
美国《乌利希期刊指南》（UPD）
英国《农业与生物科学研究中心》（CABI）
波兰《哥白尼索引》（IC）
《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）
《西太平洋地区医学索引》（WPRIM）
